Det er norske myndigheters mål at Svalbard skal være et av verdens best forvaltede villmarksområder. Norsk Polarinstitutt deltar i arbeidet for å nå dette målet gjennom faglige utredninger, råd og høringsuttalelser. I tillegg deltar instituttet i en rekke prosesser som støtter opp under forvaltningen av nordområdene og Antarktis. Norsk Polarinstitutt er Norges utøvende miljømyndighet i Antarktis. Det betyr at alle som planlegger aktivitet i Antarktis, skal kontakte instituttet på forhånd.

Forvaltningsmyndighet

Norsk Polarinstitutt er et direktorat under Klima- og miljødepartementet som har forvaltningsmyndighet etter forskrift av 26. april 2013 nr. 412 om miljøvern og sikkerhet i Antarktis (Antarktisforskriften). Forskriften oppfyller Norges forpliktelser etter miljøprotokollen under Antarktistraktaten. Den stiller strenger krav til miljøsikkerhet og sikkerhet for liv og helse ved aktiviteter i Antarktis. Polarinstituttet har myndighet til å pålegge endringer i, utsette eller forby aktiviteter hvis de er i strid med regelverket. I tillegg skal instituttet føre tilsyn med at regelverket overholdes.

For Bouvetøya i sør gjelder egne forskrifter. Norsk Polarinstitutt er her delegert myndighet fra Klima- og miljødepartementet til å gi tillatelser til bruk av terrenggående kjøretøyer og landing med luftfartøy, og til å dispensere fra andre bestemmelser i forbindelse med forskning eller andre, særlige tiltak. 

Som aktiv bidragsyter i prosesser og diskusjoner nasjonalt og internasjonalt er Polarinstituttet med på å videreutvikle og fastsette nye virkemidler i nord og sør basert på kunnskap og generell politikkutvikling. Instituttet har ikke forvaltningsmyndighet i nord.